L'Università degli Studi di Messina è strutturata in diversi Organi e Dipartimenti che ne regolano il funzionamento.

L'Università di Messina propone oggi un'ampia offerta formativa, con numerosi corsi di laurea, sia triennali che specialistici, in grado di intercettare e rispondere adeguatamente alle richieste del mondo del lavoro. L'Ateneo è articolato in diversi poli, situati sia al centro che nelle periferie sud e nord della città, raggiungibili attraverso dei servizi di trasporto offerti dall'Università in accordo con aziende pubbliche e private.

Nella zona sud della città è situato il Policlinico Universitario, sede della Facoltà di Medicina e Chirurgia.
Nel centro cittadino sono invece dislocate le Facoltà di Giurisprudenza, Economia, Scienze Politiche, Scienze della Formazione. Infine, nella zona nord di Messina, le Facoltà di Ingegneria e di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali sono situate presso il Polo Papardo, mentre il Polo Annunziata è sede delle Facoltà di Lettere e Filosofia, Medicina Veterinaria e Farmacia. Proprio presso il Polo Annunziata si trova la Cittadella Universitaria Sportiva: un'area attrezzata con un'ampia palestra, campi di calcio, tennis, basket, volley, baseball e dove è possibile praticare le discipline legate al nuoto, grazie ad ampie piscine.